病毒感染后患者可在医生指导下服用抗病毒药物，但并非所有病毒感染均需使用。临床上病毒感染引起的自限性疾病，如上呼吸道感染，多采用对症治疗，发热者可服用退热药，咳痰者可以服用盐酸氨溴索等化痰药。对于病毒感染较重，以及乙肝、艾滋病毒、疱疹病毒等非自限性疾病，可使用抗病毒药物：
1、核苷类：如利巴韦林、恩替卡韦、替诺福韦等，利巴韦林抗病毒谱广，对多种DNA及RNA病毒有抑制作用，如出血热病毒等。恩替卡韦是目前乙肝抗病毒治疗的一线用药，替诺福韦既可以治疗乙肝也可以治疗艾滋病；
2、非核苷类：如金刚烷胺、膦甲酸钠等，金刚烷胺是一种离子通道抑制剂，早期应用于抗流感病毒，但目前耐药率较高。膦甲酸钠抗病毒谱广，可用于巨细胞病毒、单纯疱疹病毒感染；
3、免疫调节类：包括干扰素、转移因子以及白介素-2等，主要通过抑制病毒增殖、生长、复制以及增强免疫力等达到抗病毒作用。干扰素临床常用于治疗乙肝、恶性肿瘤等；
4、多糖类：如甘露聚糖、硫酸葡聚糖等，可增强患者免疫力，也可直接抑制病毒活性或者抑制病毒复制。